Фамилия Перухина образована от прозвища Перуха. Скорее всего, оно образовано от слова «перо» с помощью суффикса «-ух», которое в прошлом имел уменьшительно-ласкательное значение. Кроме того, Перухой могли прозвать и того, кто зарабатывал на жизнь письменными трудами, например, писаря, то есть переписчика бумаг в суде или составителя писцовых книг, в которых переписывались земли, угодья, подлежащие налогообложению. Однако возможно, что основатель рода Перухиных и не имел профессионального отношения к письменным делам, а просто был грамотным человеком, умевшим написать прошение или письмо. Согласно другой версии, прозвище Перуха восходит к славянскому мифологическому персонажу Перуну. Перун – бог молнии и грозы. Его представляли высоким, плечистым головачом, черноволосым, черноглазым, с золотой бородой, в правой руке – лук, в левой – колчан со стрелами; ездит по небу в колеснице, пускает огненные стрелы. В таком случае предок обладателя этой фамилии отличался крутым нравом, за что и получил прозвище Перуха. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Перуха, со временем получил фамилию Перухина.