Фамилия Перухов образована от имени или прозвища Перух. Основа здесь — краткая форма крестильного имени Перфилий (от греческого Перфириос — «пурпурный, багряный») или же от Петр (через народную форму Перо, Перуня). В русских говорах имя Петр нередко сокращали до Перо, Перуха, отсюда и пошла фамилия с типичным патронимическим суффиксом -ов, означающим «сын Перуха».

Суффикс -ух- в основе — характерная деталь. В русской ономастике такие суффиксы (как и -ох-, -ах-, -ух-) часто придавали имени или прозвищу просторечный, даже ласкательный оттенок. Перух — это не официальное имя, а домашнее, уличное прозвище, которое в деревне легко прирастало к человеку и переходило к его детям. В этом смысле Перухов стоит в одном ряду с фамилиями Перов, Перфильев, Петров, но звучит менее казённо и более по-народному.

Версия о связи с глаголом «перухать» (в некоторых говорах — «бить, колотить») маловероятна. Слово редкое, и фамилия Перухов встречается в основном там, где исторически бытовали уменьшительные формы от Петра — на северо-западе и в центральной России. В писцовых книгах XV–XVI веков упоминаются крестьяне Перуша, Перух, но документальных подтверждений массового бытования фамилии в дворянской среде нет. Перуховы — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, чьё прозвище закрепилось за родом с XVII–XVIII века.

Встречается фамилия и в украинских землях, но там она могла образоваться от имени Перух как варианта имени Пётр с местным суффиксом. В целом, Перухов — не самая частая фамилия, но её прозрачная народная основа сразу даёт понять: предок носителя был для своих просто Перухой, то есть Петром по-домашнему, без чинов и званий.