Фамилия Пержю — редкий пример фамилии, чью основу стоит искать не в славянских языках, а в балтийских. Скорее всего, она восходит к литовскому слову peržius или peržė, что означает «поперечный», «лежащий наперерез» или «перекладина». В диалектах могло быть и прозвище человека, который жил на перекрестке, на границе или просто отличался упрямым, «поперечным» характером. Фонетически литовское «perž-» в русском языке могло перейти в «перж-», а окончание «-юс» или «-ис» (типичное для мужских фамилий в Литве) усеклось до «-ю», что характерно для русифицированных вариантов.

Модель образования здесь необычна для русской традиции. Фамилия не получила типичных суффиксов -ов или -ин, а сохранила форму, близкую к исходной литовской основе. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, был выходцем из балтийского региона — из Жемайтии или Аукштайтии — и переселился на русские земли, где его прозвище или фамилия закрепились без дополнительной обработки. Встретить такую фамилию можно в основном на северо-западе России, в Псковской, Ленинградской областях или в Калининграде.

Версия о происхождении от имени Перж (редкого календарного или народного) менее вероятна: в православных святцах такого имени нет, а в западнорусских землях оно не фиксируется. Также маловероятна связь с польским perzyć («переть», «напирать») — это дало бы иную огласовку и суффикс.

Таким образом, Пержю — это балтийское по корню прозвище, которое стало фамилией без изменений. Носитель такой фамилии может с высокой вероятностью считать своими дальними предками литовцев или латышей, живших в XIX веке на границе с Россией и позже ассимилированных.