Фамилия Петрунишина — редкий пример, где женская форма прочно закрепилась в документах, хотя в основе лежит мужское прозвище или отчество. Чтобы разобраться в её происхождении, нужно посмотреть на суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ на -а/-я. Основа здесь — Петруниша.

Самое вероятное объяснение: Петруниша — это производная форма от имени Пётр. В русской народной традиции имя Пётр давало множество уменьшительных вариантов: Петруня, Петруха, Петруша, а также Петруниша. Суффикс -иш- в данном случае не уменьшительно-пренебрежительный (как в «домище»), а скорее разговорный, характерный для северных и сибирских говоров, где так образовывали обиходные имена. Таким образом, Петруниша — это «маленький Пётр» или просто ласковое обращение к Петру.

Фамилия образована по отчеству: «чей?» — Петрунишин, то есть сын Петруниши. Со временем окончание -ин стало фамильным, а женская форма Петрунишина закрепилась в быту как основная, возможно, из-за того, что в семье или в деревне чаще упоминали женщину — носительницу этой фамилии.

Географически фамилия редкая и тяготеет к центральным и северным областям России, где имя Пётр было особенно популярно. Встречается она в единичных записях, что указывает на локальное происхождение — вероятно, от одного конкретного человека по прозвищу Петруниша в каком-то селе. Сословно носители такой фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами, поскольку дворянские фамилии редко образовывались от столь просторечных форм.

Спорных версий здесь почти нет: связь с именем Пётр очевидна. Единственное, что можно предположить — не исключено, что Петруниша было не уменьшительным именем, а прозвищем, данным за схожесть с каким-то Петром (например, «Петруниша» — так могли звать человека, который постоянно поминал Петра или был его тёзкой в шутку). Но это менее вероятно, так как модель «имя + суффикс» в русской ономастике гораздо продуктивнее.