Фамилия Петрушкина образована от имени Петрушка — одной из народных форм канонического имени Петр, которое в переводе с древнегреческого означает «камень, скала». Небесным покровителем имени считается апостол Петр, один из самых почитаемых учеников Христа. На Руси имя Петр было распространено широко, а его уменьшительные формы — Петрушка, Петряй, Петруня — дали начало целому ряду фамилий: Петров, Петрушин, Петрухин, Петрушкин.

Скорее всего, основатель рода Петрушкиных был выходцем из простого сословия: в крестьянской и посадской среде полное имя использовали реже, чем домашние прозвища, которые затем закреплялись за детьми и внуками. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Петрушкина — значит «дочь или жена Петрушки», а изначально фамилия отвечала на вопрос «чей?».

Есть и другая, более любопытная версия, которую нельзя сбрасывать со счетов. Именование Петрушка могло восходить не к имени, а к прозвищу, связанному с главным героем русского народного кукольного театра. Первое упоминание о Петрушке как о персонаже относится к 1636 году. В таком случае прозвище получал кукольник или актер, который играл этого озорного и неунывающего героя. Правдоподобность этой гипотезы подтверждается тем, что на Руси профессиональные прозвища нередко заменяли имена: бондарей звали Бочкарями, а кузнецов — Кузнецами.

Обе версии не противоречат друг другу: имя Петрушка и театральный Петрушка звучали одинаково, и современники легко обыгрывали это совпадение. Какую из них выбрать — зависит от конкретной семьи. Если в роду передавали истории об актерах или ярмарочных зазывалах, вторая версия выглядит привлекательнее. Но статистически фамилия Петрушкина чаще восходит к крестильному имени: таких фамилий в России всегда было больше, чем прозвищных.

Фамилия Петрушкина встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что согласуется с зоной распространения имени Петр в XVII–XIX веках. В архивных записях она фиксируется с XVIII столетия, когда фамилии начали массово закрепляться за крестьянством после ревизий. До этого времени потомки Петрушки числились просто по отцу, и только к началу XIX века форма Петрушкина окончательно устоялась.