Фамилия Петрушун ведет начало от крестильного имени Петр, которое в переводе с древнегреческого означает «камень». Однако напрямую от полной формы имени фамилию не образовали: в ее основе лежит производная, разговорная форма — Петруш. Такие уменьшительно-ласкательные варианты в старину были обычным делом: полным именем человека называли в официальных бумагах, а в семье и среди соседей он был Петрушей или Петрушем.

Сама фамилия Петрушун построена по модели, которая встречается реже, чем привычные Петров или Петрушин. Если фамилии на -ов и -ин отвечали на вопрос «чей сын?» и закреплялись за потомками, то суффикс -ун в данном случае указывает на прозвищную основу. В русских говорах имена и прозвища с суффиксом -ун несли оттенок характеристики: так могли назвать человека по заметной черте — например, говорун, молчун, бегун. Но в случае с Петрушун суффикс прикрепился не к нарицательному слову, а к личному имени, поэтому фамилию стоит понимать как «сын Петруша» или «потомок человека по имени Петруш».

Фамилия звучит на украинский или белорусский лад, хотя встречается и у русских. В этих языках суффикс -ун в фамилиях продуктивнее: он образовывал названия людей по действию или качеству, а также по именам. Поэтому Петрушун мог возникнуть на территории современной Украины, Беларуси или в южнорусских землях, где такое словообразование было привычным. Точно сказать, где именно фамилия появилась впервые, сложно — письменные источники по таким редким фамилиям скудны, и о географии бытования можно судить лишь по современному распространению.

Изначально фамилия не была дворянской или купеческой. Как и большинство русских, украинских и белорусских фамилий, она закрепилась за крестьянами и посадскими людьми: сначала как уличное прозвище семьи, затем как наследственное именование. Носитель фамилии Петрушун в XVII–XIX веках — это, скорее всего, крестьянин или мещанин, чей предок носил имя Петруш и передал его потомкам в форме родового прозвания.