Фамилия Пикен — редкая и неочевидная для русского уха. В ней нет славянского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на её иноязычное происхождение. Скорее всего, это фамилия немецкая или еврейская (ашкеназская), записанная в русской транскрипции.

В немецком языке слово «Picken» означает «клевать», «тыкать», а также может быть связано с диалектным названием кирки или кайла. Соответственно, прозвище «Пикен» могли дать человеку с соответствующим ремеслом — каменотёсу, горняку, или же человеку с характерной, «клюющей» походкой или манерой речи. Вторая версия отсылает к топониму: существует несколько населённых пунктов с названием Пикен (Pieken) в Германии и Польше. В этом случае фамилия указывает на выходца из такого места.

В еврейской среде фамилия Пикен могла возникнуть как вариант фамилии Пик (от идишского «пик» — острый) или быть искусственно созданной в XIX веке при присвоении фамилий в Российской империи. Часто в таких случаях брали за основу немецкое слово, звучавшее «по-еврейски».

В России фамилия Пикен встречается крайне редко, в основном среди потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье и на юг страны в XVIII–XIX веках, или в семьях еврейского происхождения. Встречается и написание с двумя «н» — Пиккен, но это скорее исключение. Сословная принадлежность предков могла быть любой — от ремесленников и крестьян до мелких торговцев.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пик, Пикель, Пикерт) подтверждает, что основа связана с инструментом или действием, а не с личным именем. Ударение в русском языке обычно падает на первый слог: Пи́кен.