Фамилия Пилипонский восходит к церковному мужскому имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». Это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ук /-юк, -ск и другие, изначально указывающие на имя главы семейства. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пилип, со временем получил фамилию Пилипонский.