Фамилия Пилипонис — редкий для России случай, когда фамилия образована не по русской, а по литовской модели. Её основа — просторечная форма крестильного имени Филипп, которое в литовском языке звучит как Pilypas. От него через суффикс -онис (-onis) и получилась фамилия Пилипонис. В литовской антропонимике суффикс -onis как раз и означает «сын такого-то» или «потомок». То есть Пилипонис — это буквально «Филиппович», «Филиппов сын».

Такая фамилия могла появиться только на землях Великого княжества Литовского, а позже — Российской империи, где литовское население соседствовало со славянским. Если носитель этой фамилии живёт в России, скорее всего, его предки были литовцами или белорусами из западных губерний (Ковенская, Виленская, Гродненская). В XIX веке, когда фамилии стали обязательными для всех сословий, литовские крестьяне нередко получали фамилии именно по такой схеме — от имени отца.

Интересно, что в русской среде та же основа дала бы фамилию Филиппов или Филипович. Пилипонис же — это прямое указание на литовские корни. Само имя Филипп (в переводе с греческого «любящий коней») было популярно у литовцев, как и у всех православных и католиков Восточной Европы. Специфическое написание с «П» в начале — следствие литовской фонетики: в литовском языке нет мягкого «Ф», и оно закономерно заменяется на «П».

Никаких сведений о дворянском происхождении фамилии Пилипонис нет. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде простого народа. Встречается она в основном на территории современной Литвы, а также в приграничных районах Беларуси и Польши. В России носителей немного, и почти все они — потомки переселенцев конца XIX — начала XX века.