Фамилия Пилипонский образована от имени собственного и относится к распространенному типу славянских фамилий. Фамилия Пилипонский восходит к церковному мужскому имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». Это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ук /-юк, -ск и другие, изначально указывающие на имя главы семейства. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пилип, со временем получил фамилию Пилипонский. О точном месте и времени возникновения фамилии Пилипонский в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пилипонский представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.