Фамилия Пилюганов — редкий случай, когда у основы есть как минимум две убедительные версии происхождения, и обе уводят нас в XVI век. Если коротко: фамилию образовали от прозвища или имени Пилюган, а оно, в свою очередь, имеет либо украинские корни, либо связано с церковным именем.

Первая версия отсылает к украинскому нарицательному «пильга» — «льгота», «освобождение от соблюдения установленных законом общих правил». В этом случае прозвище Пилюган мог получить «обеленный» крестьянин, то есть освобожденный от податей и повинностей. Вторая гипотеза связывает основу с украинской производной формой крестильных имен Пилимон (Филимон; с древнегреческого — «любить») или Пилипп (Филипп; «любитель лошадей»). Обе версии равноправны, но первая выглядит даже более правдоподобной: прозвища, отражающие социальный статус, в XVI веке встречались чаще, чем сокращения от церковных имен в такой специфической форме.

Исторические документы подтверждают, что прозвище бытовало на русском Северо-Западе. С. Веселовский упоминает: Пилюга, крестьянин, 1545 год, Новгород; Антон Дробышев Пилюгин, помещик, 1576 год, Арзамас. Обратите внимание на форму — вторая запись уже содержит суффикс -ин, что говорит о раннем закреплении прозвища в качестве фамильного имени. Сама же фамилия Пилюганов следует более распространенной модели с суффиксом -ов, который присоединялся к основам на согласный. Суффикс указывал на принадлежность: Пилюганов — сын, потомок Пилюгана.

Интересно, что в арзамасской записи фигурирует помещик. Это значит, что прозвище не было исключительно крестьянским — его носили и служилые люди. Поэтому не стоит жестко привязывать фамилию к одному сословию: в новгородских писцовых книгах мы видим крестьянина, а в арзамасских — землевладельца.

Итог прост: потомок человека по прозвищу или имени Пилюган со временем получил фамилию Пилюганов. Какая из версий верна для вашей конкретной ветви — зависит от географии предков. Если родословная тянется к Новгородчине или украинским землям, первая версия вероятнее; если в роду были служилые люди — тоже стоит присмотреться к обеим.