Фамилия Пилюганов образована от прозвища Пилюган. Оно ведет свое начало от украинского нарицательного «пильга» - «льгота», «освобождение от соблюдения установленных законом общих правил». Вероятно, такое прозвище получил «обеленный», т.е. освобожденный от податей и повинностей крестьянин. Согласно другой гипотезе, фамилия Пилюганов происходит от украинской производной формы мужских крестильных имен Пилимон (Филимон; в переводе с древнегреческого - «любить») или Пилипп (Филипп; в переводе с древнегреческого — «любитель лошадей») - Пилюган. Веселовского упоминаются: Пилюга, крестьянин, 1545 г., Новгород; Антон Дробышев Пилюгин, помещик, 1576 г., Арзамас. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пилюган, со временем получил фамилию Пилюганов.