Фамилия Пилютина — женская форма, мужская, соответственно, Пилютин. Её основа, на первый взгляд, прозрачна: она явно связана со словом «пилюля». Но тут есть нюанс, который делает эту фамилию интереснее, чем просто «аптекарская». В русском языке слово «пилюля» — заимствование из латинского (pilula), и в народной среде оно прижилось не сразу. Поэтому фамилия Пилютин могла возникнуть не у фармацевтов, а скорее в ироничном, прозвищном ключе.

Прозвище Пилюля могли дать человеку маленького роста, круглому или тому, кто постоянно жаловался на здоровье и глотал лекарства. В северных и сибирских говорах, по данным диалектных словарей, «пилюлей» называли также капризного, привередливого человека — того, с кем «как с пилюлей» нянчиться. Таким образом, фамилия скорее бытовая, характеризующая внешность или характер, чем профессиональная.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Пилюли). Окончание -а в женском варианте — грамматическая норма. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Пилюля, что подтверждает: фамилия не дворянская и не семинарская (семинаристам давали фамилии вроде Пилюльский, с латинизированным суффиксом).

Географически фамилия Пилютины встречается в центральных областях России, особенно в Тверской и Ярославской губерниях, а также на Урале — в местах, куда переселялись крестьяне из этих регионов. Встречается и вариант Пилюлькин, но он более редок и звучит уже как сказочный (вспомним доктора из «Незнайки»). Пилютин же — фамилия реальная, крестьянская, без книжного налёта.

Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был не аптекарем, а обычным крестьянином или ремесленником, получившим уличное прозвище за свою округлость, ворчливость или, наоборот, за маленький рост. Этимология простая, но за ней стоит живая народная метафора.