Фамилия Пинэко — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели с суффиксами -ов, -ин или -ский, и её основа звучит нетипично для восточнославянского уха. Скорее всего, перед нами фамилия, занесённая в русскую среду извне, и её происхождение нужно искать не в древнерусских прозвищах, а в языках Кавказа или, возможно, в греческом.

Наиболее вероятная версия связывает Пинэко с адыгскими (черкесскими) фамилиями. В адыгском языке основа «пинэ» или «пэнэ» может означать «пень» или «коряга», а суффикс -ко (-къо) — типичный патронимический показатель, который переводится как «сын» или «потомок». Таким образом, Пинэко буквально значит «сын пня» или «потомок коряги». В традиции горских народов прозвища от предметов и явлений природы были обычным делом: они могли даваться за крепость, неуклюжесть или как оберег. В таком случае фамилия могла принадлежать выходцам из адыгских или абазинских обществ, которые в XIX веке переселялись в Россию или служили в русской армии.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — греческое происхождение. В новогреческом языке есть слово πίνακας (pínakas) — «доска», «картина». Фамилия Пинэко могла возникнуть как прозвище иконописца или плотника, но греческая модель образования фамилий с окончанием на -ко нехарактерна: обычно греческие фамилии оканчиваются на -пулос, -идис, -оглу. Поэтому версия с греческим корнем слабее.

Суффикс -ко в русском восприятии мог быть осмыслен как уменьшительный или украинский, но в случае с Пинэко это, скорее всего, случайное совпадение. Фамилия не имеет отношения к украинским фамилиям на -енко, так как основа не содержит типичного суффикса -ен-.

Географически фамилия Пинэко встречается в России единично, чаще всего в Краснодарском крае и на юге страны — как раз в зоне контакта с адыгскими народами. Сословно носители могли быть как горскими дворянами (уорками), так и простыми крестьянами — без дополнительных документов определить это невозможно.

Что касается ударения, наиболее логично ставить его на второй слог: Пинэ́ко. В адыгских языках ударение обычно падает на последний или предпоследний слог, и вариант Пинэ́ко звучит органичнее, чем Пи́нэко.