Фамилия Пинтоха — редкая и неочевидная с точки зрения русской ономастики. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые сразу указывают на происхождение от отчества или прозвища. Окончание -а (в именительном падеже) и ударение, скорее всего, на второй слог — Пинто́ха — заставляют искать корни либо в украинской, либо в южнорусской среде, где такие формы прозвищ и фамилий встречаются чаще.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Пинтох. Его основа может восходить к глаголу «пинтать» или «пентюхать» — диалектным словам, означающим «бить, колотить, толкать». В некоторых говорах «пинтох» — это нерасторопный, неуклюжий человек, которого всё время «пинтают» или который сам «пинтохается» (медлит, возится). Таким образом, прозвище могло закрепиться за медлительным или, наоборот, драчливым человеком, а затем перешло в фамилию без дополнительного суффикса — по типу украинских фамилий вроде Кривоха, Сухоха.

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «пинт» или «бент» — «плотина, запруда». Тогда Пинтоха могло быть прозвищем человека, жившего у запруды или занимавшегося строительством плотин. Однако эта гипотеза слабее, так как конечное -ох(а) нехарактерно для тюркских заимствований в русских фамилиях.

Суффикс -ох(а) в фамилии Пинтоха — экспрессивный, он придавал прозвищу оттенок грубоватости или фамильярности. Такие формы были распространены в казачьей среде и в южнорусских говорах. Поэтому предки носителя фамилии могли быть крестьянами или казаками из чернозёмных губерний России или Украины. В официальных документах фамилия могла писаться через «о» (Пинтоха) или, при украинском произношении, через «i» (Пiнтоха), но в русской записи закрепился именно первый вариант.