Фамилия Пинто — редкий для России случай, когда иностранная основа не была русифицирована суффиксом, а пришла в язык в исходном виде. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов, -ев или -ин, Пинто стоит особняком: это «голая» основа, которая не склоняется и сразу выдает нерусское происхождение.

Самая вероятная версия — португальское или испанское происхождение. В романских языках «pinto» переводится как «пёстрый», «рябой», «крапчатый». Изначально это было прозвище человека с веснушками, необычным цветом кожи или просто человека, который носил пёструю одежду. В средневековой Португалии и Испании это прозвище было настолько распространено, что превратилось в массовую фамилию (вспомните художника Франсиско Гойю — его тёща носила фамилию Пинто). Встречается она и в Италии, где «pinto» имеет то же значение.

На территорию Российской империи фамилия могла попасть несколькими путями. Самый очевидный — через еврейское население западных губерний (современные Украина, Беларусь, Польша). Среди ашкеназских евреев фамилии романского происхождения не редкость: многие еврейские семьи получили фамилии в Австро-Венгрии или Пруссии, где чиновники могли записать человека по месту его происхождения (например, из итальянского города Пинто) или дать «переводную» фамилию по внешнему признаку. Вторая версия — обрусевшие потомки обедневших дворянских родов из Португалии или Испании, которые оказались в России в XVIII–XIX веках. Третий, более экзотический вариант — фамилия могла закрепиться за выходцами из цыганских таборов, где также встречались испанские и португальские корни.

Разобрать фамилию по русским словообразовательным моделям не получится: здесь нет ни суффикса принадлежности, ни патронимического окончания. Это так называемая «застывшая» форма прозвища. Если бы носитель фамилии Пинто жил в Новгородской или Псковской земле, его потомки, скорее всего, стали бы Пинтовыми или Пинтиными, но в условиях многонациональной Российской империи фамилия сохранила оригинальное звучание.

В современных русских архивах фамилия встречается крайне редко, в основном в крупных городах и в Крыму. Сравнивать её с однокоренными русскими фамилиями сложно — ближайшая параллель разве что фамилия Пестряков (от «пёстрый»), но она образована уже по славянской модели. Пинто остаётся фамилией-маркером: она почти всегда указывает на то, что предки носителя пришли в Россию из Южной Европы или имели средиземноморские корни.