Фамилия Пиписян — армянская по происхождению, что ясно видно по типичному суффиксу -ян. В армянской ономастике этот суффикс заменяет более древние патронимические окончания и означает принадлежность к роду: «Пиписян» буквально переводится как «из рода Пипи». В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Пипи.

О происхождении самого прозвища Пипи есть несколько версий. Самая прямая и правдоподобная — от армянского слова «пипи» (պիպի), которое в диалектах может означать «малыш», «карапуз» или «детская игрушка». В таком случае прозвище давали младшему ребёнку в семье, либо оно закреплялось за человеком небольшого роста или с детскими чертами лица. Подобные «детские» прозвища — распространённый источник фамилий у многих народов.

Вторая версия связывает прозвище с подражательным звуком — например, с писком птенца или звуком дудки. В армянских говорах есть слово «пипик» (свирель, дудочка), и прозвище Пипи мог получить музыкант или человек с тонким, высоким голосом. Эта версия менее вероятна, но возможна, если учесть, что многие армянские фамилии образованы от названий музыкальных инструментов (например, Дудукян).

Третья, самая редкая гипотеза — что имя Пипи является сокращённой формой от более длинного имени, вроде Пипирос или Пипине. Однако в армянском именослове такие полные имена не зафиксированы, поэтому эта версия считается надуманной.

Фамилия Пиписян распространена преимущественно среди армян, но встречается и у других народов Закавказья, а также в армянской диаспоре. В России носители фамилии живут в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве. В Армении фамилия встречается реже, чем, скажем, Арутюнян или Петросян, что говорит о её локальном или более позднем происхождении. Скорее всего, родоначальник Пиписянов жил в одном из сёл исторической Западной Армении (ныне территория Турции) или в Нагорном Карабахе, где бытует много фамилий с «детскими» основами.

С точки зрения словообразования, фамилия проста: корень Пипи- плюс суффикс -ян. Никаких дополнительных суффиксов, указывающих на профессию или знатное происхождение, здесь нет. Это чисто патронимическая фамилия, которая говорит о том, что предок нынешних Пиписянов носил прозвище или имя Пипи.