Фамилия Плагун — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначному толкованию даже при поверхностном взгляде. В ней нет очевидного корня, который указывал бы на профессию, внешность или имя предка. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель и поискать параллели в диалектах.

Самый надёжный путь — через суффикс -ун. В русских фамилиях он часто образовывал прозвища от глаголов: говорун, хвастун, бегун. Если следовать этой логике, Плагун — тот, кто «плагает». Но глагол «плагать» в литературном языке отсутствует. Здесь и начинается самое интересное. В южнорусских и украинских говорах слово «плага» означало «плеть, кнут» или «ремень». Отсюда возможное прозвище Плагун — человек с кнутом, либо пастух, либо возница, либо тот, кто любил пускать в ход плётку. В некоторых областях «плага» — это ещё и «обрывок верёвки», что могло дать прозвище неряшливому или бедному человеку.

Есть и другая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть от имени Плакида (греч. «широкий, плоский») через народную переделку. В устной речи Плакида превращалось в Плагуна — так же, как Фёдор становился Федюней. Но эта гипотеза слабее: слишком далеко от исходной формы, и нет промежуточных вариантов в документах. Основной версией остаётся прозвище по орудию труда или оружию.

Географически фамилия Плагун тяготеет к югу России и Украине. Встречается в Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани. Иногда её путают с фамилией Плагунов, но это разные образования: Плагунов — отчество от той же основы через суффикс -ов, а Плагун — прямое прозвище без патронимического оформления. То есть предок носителя фамилии Плагун, скорее всего, был прозван так при жизни, а его дети уже записывались как Плагуны. Фамилия осталась в изначальной, «неоглагольной» форме — редкий случай для восточнославянской антропонимии.