Фамилия Плагутин — одна из тех, где внешняя простота обманчива, а корень уходит в диалектную лексику, почти забытую в современном языке. В основе лежит слово «плагута» или «плагун». В южнорусских и украинских говорах так называли плетень из жердей или хвороста, иногда — загородку для скота. Прямое значение — человек, живущий у такого плетня или занимающийся его плетением. Но есть и переносный смысл: в тех же говорах «плагой» могли назвать нерасторопного, медлительного человека, а «плагута» — неуклюжего, тяжелого на подъем. Какая из версий верна — сказать трудно, но прозвищный, а не топонимический характер фамилии более вероятен: суффикс -ут- (-ут-) в русских фамилиях встречается редко и почти всегда указывает на прозвище (сравните: Губин от «губа», но есть и фамилии вроде Белоусов, где суффиксальная модель иная).

Фамилия образована по стандартной модели: основа «Плагут-» плюс типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Плагуты). Обратите внимание: в русской ономастике фамилии на -ин обычно происходят от основ на -а, -я, что подтверждает прозвищную форму «Плагута». Форма «Плагутин» закрепилась в письменных источниках, скорее всего, в XIX веке, когда фиксировались крестьянские фамилии центральных и южных губерний.

Географически фамилия редкая, с заметным тяготением к Курской, Воронежской и Ростовской областям — то есть к зоне южнорусского наречия, где слово «плагута» было в ходу. Встречается также в украинских переписях, но там чаще пишется как Плагута (без суффикса -ин). Это косвенно подтверждает, что русский вариант Плагутин — это «русифицированная» форма украинского или южнорусского прозвища.

Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или в родословных сборниках не зафиксировано. Плагутины — почти наверняка крестьянский или мещанский род, получивший фамилию при переписях после отмены крепостного права. В документах XVIII—XIX веков встречаются единичные упоминания: например, в ревизских сказках Воронежской губернии за 1816 год значится крестьянин Плагута, но без фамилии в современном понимании. Фамилия не попала в массовые списки, поэтому её носители сегодня — это, как правило, потомки одной или нескольких локальных ветвей, а не разросшегося рода.