Основой фамилии Полагутина послужило церковное имя Логгин. Мужское крестильное имя Логгин восходит к римскому слову «longus», что значит «длинный». Впоследствии «о» изменилась на «а» под влиянием произносительной нормы русского языка. В основу фамилии легла производная форма этого имени — Полагута. Скорее всего, основатель рода Полагутиных был человеком из простого сословия. Согласно другой версии, фамилия образована от женского имени Пелагея («морская»), которое было очень распространено на Руси. Причиной было то, что святой покровительницей имени считалась особо почитаемая в народе преподобная Пелагея. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Полагута, со временем получил фамилию Полагутина.