Фамилия Полагубин — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. В ней сразу заметен суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Полагубин, то есть сын или потомок Полагубы. Вопрос в том, что такое «Полагуба».

Самая прямая версия выводит прозвище Полагуба из двух слов: «пол-» (половина) и «губа». В старых русских говорах «губой» называли не только часть лица, но и залив, заводь, а в переносном смысле — человека с большой или выпяченной нижней губой. Прозвище Пологуба (или Полагуба) могло означать «человек с половиной губы» — либо из-за травмы, шрама, либо из-за природной особенности, когда одна губа была заметно тоньше или короче. Такие «счетные» прозвища (Полутата, Полуехт, Полубоярин) встречались в русской антропонимии XVI–XVII веков.

Менее вероятна, но допустима связь с диалектным глаголом «полагать» в значении «класть, укладывать» или «надеяться». В этом случае Полагуба могло быть прозвищем человека, который что-то «полагал», то есть укладывал губу — например, плотника, подгоняющего детали «на губу» (на шип). Однако такая версия сложнее и не подкреплена устойчивыми параллелями в других фамилиях.

Географически фамилия Полагубин встречается крайне редко. Основные следы ведут в центральные и южнорусские области — Воронежскую, Тамбовскую, Рязанскую. Судя по суффиксу -ин, который в русской антропонимии чаще давали фамилиям на основе слов женского рода (на -а, -я), прозвище Полагуба могло принадлежать конкретному человеку, а фамилия закрепилась за его потомками в одном или нескольких селах.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Полагубин не попал в общероссийские справочники и не получил широкого распространения. Это фамилия локальная, почти наверняка крестьянская по происхождению — её носители не принадлежали к дворянству, а были либо однодворцами, либо государственными крестьянами. Единственная деталь, которая выделяет её на фоне похожих: необычное сочетание «пол-» с «губой» — в русской ономастике есть десятки фамилий на Полу- (Полунин, Полуэктов), но Полагубин стоит особняком.