Фамилия Плахутин образована от прозвища Плахута — так в старину могли называть человека, чей род занятий был связан с одеждой. В основе лежит диалектное слово «плахата», которое в разных губерниях означало предметы женского гардероба: в курских говорах — юбку, в тверских — золототканый платок, в новороссийских — шерстяной платок, который женщины оборачивали вокруг пояса. Разброс значений широкий, но все они указывают на ткань и шитьё, поэтому прозвище Плахута, скорее всего, закрепилось за портным, торговцем тканями или человеком, который носил такую необычную одежду.

Словообразовательная модель простая и прозрачная: к прозвищу Плахута добавили типичный для восточнославянских фамилий суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство. Потомок человека по прозвищу Плахута со временем стал Плахутиным, то есть «сыном Плахуты».

Интересно, что в отличие от более распространённых фамилий на -ов, форма на -ин встречается реже и чаще закреплялась за прозвищами, оканчивающимися на гласный звук, что делает Плахутина характерным примером такой модели. Впрочем, не исключено и иное прочтение: основа могла быть связана с глаголом «плахать» (полоть, чистить) или с «плахой» — в некоторых говорах так называли жердь или доску, но эти версии выглядят менее убедительными, поскольку не дают такого ясного бытового контекста, как одежда.

Судя по географии диалектных слов, фамилия могла зародиться в центральных и южных регионах России, где бытовали упомянутые говоры. В документах фамилия встречается с XVII–XVIII веков, когда прозвища окончательно закреплялись за семьями, но точных сведений о конкретных родоначальниках не сохранилось. Среди известных носителей нет громких исторических фигур, что типично для фамилий, произошедших от ремесленных прозвищ, — такие семьи обычно жили в среде посадских людей и крестьян.