Фамилия Плахутова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Плахутов. Её происхождение связано с прозвищем или именем Плахута, а само слово восходит к глаголу «плахать» (в диалектах — пахать, взрыхлять землю) или к существительному «плаха» (колода, чурбан, а в переносном смысле — неуклюжий, грубоватый человек). Наиболее вероятная версия: Плахута — это прозвище земледельца, пахаря, того, кто «плашет» землю. В украинских и южнорусских говорах слово «плахта» означало также кусок ткани, половик, но для фамилии это менее характерно.

Суффикс -ут- в основе Плахут(а) — редкий и выразительный. В русской антропонимии такие суффиксы (как в фамилиях Глазута, Кривута) придавали прозвищу оттенок простонародности, иногда с лёгкой пренебрежительностью или, наоборот, с шутливой фамильярностью. То есть Плахута — это не просто «пахарь», а, скорее, «пахарь этакий, пахотный мужик».

Фамилия Плахутов (и Плахутова) географически привязана к зоне активного взаимодействия русского и украинского языков: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также восток Украины. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или однодворцами (государственными крестьянами южных окраин), поскольку прозвище указывает на занятие земледелием, а не на ремесло или службу.

В написании фамилии стоит обратить внимание на корень «плах-»: его не следует путать с «плач-» (от плакать) — это разные этимологические гнёзда. Вариант Плахутов/Плахутова — единственно верный, без чередования согласных. В документах XIX века могла встречаться форма Плахутовъ с твёрдым знаком на конце, но смысл от этого не меняется.