Фамилия Плыгун восходит к украинскому глаголу «плыгать» - «прыгать, скакать, сигать», который употребляется в южных диалектах. Прозвище Плыгун мог получить непоседливый человек, никогда не сидящий на месте, активный. Кроме того, в украинском языке есть слово «плигати» - «подскакивать». Возможна этимологическая связь фамилии Плыгун с данным глаголом, при этом также есть указание на особенность характера человека, обладающего соответствующим прозвищем.