Фамилия Плыгун — редкий случай, когда происхождение читается почти буквально: в её основе лежит украинский глагол «плыгать», то есть «прыгать, скакать, сигать». Это слово живёт в южных диалектах, и именно от него пошло прозвище, которое затем закрепилось как фамилия. Прозвище Плыгун давали человеку непоседливому, вечно в движении, тому, кто, по меткому народному наблюдению, не ходил, а словно подпрыгивал на ходу.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для украинской ономастики. Суффикс -ун в украинском языке активно образует имена деятелей от глаголов: часто с оттенком интенсивности действия или склонности к нему. Сравните с аналогичными по модели фамилиями Стригун (от «стригти»), Крикун (от «кричати»), Бігун (от «бігати»). Плыгун в этом ряду — тот, кто «плыгає», то есть постоянно скачет. Важно, что фамилия сохранила чисто украинскую фонетику: в русском языке был бы вариант «Прыгун», но именно форма с «лы» выдаёт южное, украинское происхождение.

В украинском языке есть и близкий глагол «плигати» — «подскакивать», который также мог участвовать в образовании прозвища. Однако форма «плыгун» тяготеет именно к диалектному «плыгать», что делает версию с прыжками и скачками основной. Вряд ли стоит искать здесь связь с каким-то ремеслом или занятием: семантика слишком явно указывает на характеристику человека, его темперамент и манеру поведения. Прозвище, скорее всего, дали подвижному, энергичному и, возможно, суетливому человеку, который не мог усидеть на месте.

Сама фамилия образована по модели отчества-прозвища без дополнительного суффикса: основой стало само прозвище Плыгун. Такая модель типична для украинских фамилий, которые часто фиксировали прозвище в чистом виде, без прибавления -ов или -енко. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде, где прозвище было настолько ёмким, что не требовало дополнительного оформления. Сейчас фамилия встречается нечасто, что неудивительно: диалектная основа и узкий ареал бытования исходного слова ограничили её распространение. Но именно эта редкость делает фамилию Плыгун яркой: она сохранила для нас живое слово южных говоров и портрет предка, который, судя по всему, был человеком быстрым и непоседливым.