Фамилия Плыгунов образована от прозвища Плыгун. Оно ведет свое начало от диалектного глагола «плыгать», который употребляется в южных диалектах и имеет значение «прыгать, скакать». В украинском языке существует глагол «плигати» с аналогичным значением. Вероятно, прозвище Плыгун содержало указание на особенности характера и поведения основателя фамилии — деятельный, активный, энергичный, расторопный. Так и прозвище Плыгун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Плыгунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Плыгун, со временем получил фамилию Плыгунов.