Фамилия Плыгунова хранит память о прозвище дальнего предка — Плыгун. В основе лежит диалектный южнорусский глагол «плыгать», то есть «прыгать, скакать». Близкий по звучанию и смыслу украинский глагол «плигати» подтверждает: слово бытовало в тех краях, где русские говоры соприкасались с украинскими.

Прозвище Плыгун, скорее всего, дали человеку деятельному и расторопному. Оно отражало не внешность, а манеру поведения: подвижного, энергичного, живого в движениях. В крестьянской среде такие меткие прозвища нередко заменяли имя в повседневном обиходе, а затем закреплялись за детьми как фамильное прозвание.

Суффикс -ун в основе усиливает оттенок деятеля: так же образованы слова «бегун», «крикун», «скакун». Форма Плыгунова — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов, отвечающее на вопрос «чей?». Первоначально это означало «дочь или жена Плыгуна», а затем закрепилось как наследственная фамилия.

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму, которая в русской традиции указывает на принадлежность роду: Плыгуновы — потомки того самого Плыгуна. Сам корень редкий: в современных говорах глагол «плыгать» почти вышел из употребления, поэтому фамилия оказывается своеобразным архивом живой народной речи.