Фамилия Плигунов — одна из тех, где ключ к разгадке лежит не в очевидном корне, а в суффиксе и возможном диалектном слове. На первый взгляд основа «Плигун» напоминает «прыгун», но с оглушением «б» в «п» (прыгун → прыгунов → Плигунов). Однако эта версия слабая: переход «ры» в «ли» («прыг» → «плиг») нехарактерен для русской фонетики, хотя в говорах встречается спорадически. Правдоподобнее другое объяснение.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Плигун, образованное от глагола «плигать» — в ряде южнорусских и украинских говоров это значит «мигать, моргать», а также «бросать, кидать». Человек мог получить такое прозвище за привычку часто моргать, щуриться или, наоборот, за резкие, «бросающие» движения. Суффикс -ун в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию (крикун, молчун, бегун), так что Плигун — это «тот, кто плигает». Фамилии на -ов образованы от таких прозвищ по стандартной модели: Плигун → Плигунов, то есть «сын Плигуна».

Менее вероятно, но допустимо, что корень восходит к слову «плига» — так в некоторых диалектах называли вид плети или кнута, а также рыбу (пескаря). В этом случае Плигуном могли прозвать либо мастера, делавшего кнуты, либо рыбака. Но глагольная версия выглядит убедительнее из-за активности суффикса -ун именно в прозвищах по действию.

Географически фамилия редкая и тяготеет к югу России и Украине — именно там фиксируются говоры с глаголом «плигать». Встречаются также варианты Плиганов, Плигуненко, что подтверждает южное происхождение. В старых документах фамилия незнаменита, известных исторических деятелей с ней нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках, когда прозвища закреплялись в качестве наследственных именований.

Таким образом, Плигунов — фамилия-характеристика, указывающая на внешнюю или поведенческую особенность предка: скорее всего, он был человеком с быстрым взглядом или порывистыми движениями.