Фамилия Плахотня — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, не обрастая типичными суффиксами -ов или -ин. В основе лежит украинское слово «плахотня», которое имеет два основных значения. Первое — это грубая холщовая ткань, посконь, то есть домотканое полотно из конопли или льна. Второе, переносное — так называли бедняка, человека, который ходит в одежде из такой дешёвой материи, «сермяжника».

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий, но типична для украинских и южнорусских: фамилия оформлена как чистая основа женского рода с окончанием -я. Это так называемая «фамилия-прозвище», без дополнительного патронимического суффикса. Если бы она возникла в северных областях, её бы, скорее всего, записали как Плахотнин или Плахотнев. Сохранение формы Плахотня указывает на то, что носители происходят из регионов, где украинская ономастическая традиция была сильна: Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина или южные губернии России.

Вероятнее всего, фамилию получил либо ткач, который производил плахотню, либо, что ещё правдоподобнее, крестьянин, который не мог позволить себе сукно и ходил в домотканом холсте. Прозвище Плахотня могло закрепиться за человеком небогатым, но трудолюбивым — в отличие от оскорбительных кличек, это слово часто употреблялось без резко негативного оттенка, скорее как бытовая характеристика.

Встречается фамилия и в польском контексте, где «płachta» — это простыня, полотнище, но корень тот же, славянский. В польской ономастике фамилия могла бы звучать как Плахотня или Плахотный, но в русской традиции закрепилась именно в украинском произношении. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Плахотников, Плахотнюк, Плахотный, — то Плахотня стоит особняком как наиболее архаичная, «прямая» форма, без посредников.