Фамилия Плахушко — редкий случай, когда украинское происхождение видно невооружённым глазом, а вот корень вызывает споры. Суффикс -ушко указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму в украинском языке (сравните: «хлопець» — «хлопчисько»). Такие фамилии часто давали по прозвищу, и основа здесь — Плах или Плаха.

Самая очевидная версия: прозвище Плах(а) давали человеку, который занимался изготовлением или продажей плах — широких досок, получаемых при расколе бревна. В украинских говорах «плаха» — это не только доска, но и вид женской одежды (кусок ткани, плахта), а также чурбан или колода. Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «плакати»: так могли прозвать плаксивого человека. Однако в этом случае логичнее была бы форма Плакса или Плаксюк, а не Плахушко.

В ономастике фамилии на -ушко (Хворостюшко, Ковалюшко, Панькушко) типичны для западных регионов Украины — Волыни, Галичины, Подолья. Там же встречается и фамилия Плахушко, хотя и не массово. В России она почти не фиксируется, что подтверждает её узкую региональную привязку.

Интересная деталь: в польском языке есть слово «płachta» (простыня, холст), и фамилия могла бы иметь польское влияние, но суффикс -ушко — чисто украинский, а не польский. Поэтому версия с ремеслом плотника или ткача (если речь о плахте-одежде) остаётся основной. Сословно носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан — дворянские фамилии на -ушко в этой местности нехарактерны.