Фамилия Плаунов — один из тех редких случаев, когда прозвище предка сохранилось почти без изменений, а его значение прозрачно для любого, кто знаком с природой средней полосы. Основа здесь — слово «плаун», так в народе называют вечнозелёное лесное растение из семейства плауновых, известное также как «деряба» или «зеленица». В старину плаун использовали для окраски тканей в жёлтый цвет, а сушёным порошком из его спор лечили раны и присыпали младенцев. Однако прозвище Плаун могли дать не за сбор трав. Скорее всего, так прозвали человека, жившего в глухой, заросшей плауном местности, либо того, кто по роду занятий имел дело с этим растением — например, красильщика или знахаря.

Словообразовательная модель фамилии стандартна для русского севера, Поволжья и центральных областей: суффикс -ов указывает на принадлежность «сын Плауна» или «из семьи Плаунов». В отличие от фамилий на -ин (Плаунин), которые тоже встречаются, вариант с -ов исторически более массовый и говорит о том, что прозвище было не нарицательным, а личным — то есть закрепилось за конкретным человеком, а не за его матерью или женой.

Интересно, что фамилия Плаунов почти не зафиксирована в дворянских родословных книгах. Это типично крестьянская или мещанская фамилия, особенно распространённая в бывших Новгородской и Вятской губерниях, где болотистые леса и ельники — естественная среда плауна. Встречаются также однокоренные фамилии Плаутин, Плауновский — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что может указывать на разные ветви одного рода или разные диалектные формы прозвища.

Спорных версий происхождения практически нет: попытки связать фамилию с украинским «плаун» (поплавок) или с глаголом «плауть» (плыть) выглядят натянуто, так как географически фамилия сосредоточена именно в тех регионах России, где плаун-растение — привычная примета леса. Так что, скорее всего, первый Плаунов жил там, где нога утопала в мягком зелёном ковре, и это запомнилось соседям.