Фамилия Поборная — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а церковный термин, и это сразу отличает её от большинства русских фамилий. Это вариант фамилии Поборников, но в женской или притяжательной форме, застывшей в качестве родового прозвища.

Корень «побор» в церковнославянском языке означает «защитник», «заступник», «помощник». В православной традиции «поборником» называют святого или архангела, который выступает на стороне человека в духовной битве. Самое известное употребление — икона «Богоматерь Поборница» (или «Знамение»), где Богородица предстаёт как защитница. Таким образом, Поборная — это не «та, кто поборы собирает» (это бытовое, более позднее значение слова), а «принадлежащая Поборнику» или «относящаяся к заступничеству». Фамилия могла быть дана в семинарской среде: сын священника, служившего в храме в честь иконы «Поборница», мог получить фамилию Поборников, а его дочь или жена в бытовом обиходе — Поборная.

Окончание -ая указывает на то, что перед нами адъективная форма, характерная для южнорусских и украинских фамилий. В северных говорах чаще встречается стяжённая форма — Поборна. В старых документах можно найти и вариант Поборний (с ударением на второй слог). Фамилия крайне редкая: она не входит в сотни самых распространённых, и её носители, скорее всего, сосредоточены в областях бывшей Черниговской или Киевской губернии, где семинарские фамилии на -ский/-цкий и -ный давали часто.

Двойственность значения — главная ловушка для этимолога. Если человек носил фамилию Поборной в XIX веке в крестьянской среде, есть шанс, что её дали не за духовные заслуги, а за склонность «побираться» (собирать милостыню) или за службу сборщиком податей (поборщиком). Но в таком случае логичнее была бы форма Поборщиков или Поборов. Поэтому церковная версия выглядит убедительнее: слишком уж специфична огласовка «побор» в значении «защита».