Фамилия Побуковский — одна из тех, где форма на -ский обманчиво напоминает дворянский герб, а на деле почти наверняка отсылает к географическому названию. Такие фамилии в Польше, на Украине и в западных регионах России чаще всего образовывали от названия деревни или урочища: человек, переселившийся из Побукова или Побукович, получал прозвище по месту прежнего жительства.

Корень здесь прозрачный — «бук». Бук в славянской топонимике встречается часто: Буков, Буково, Буковец, Буковица. Приставка по- в названии населённого пункта могла означать «место у буков» или «поселение на буковой земле». Соответственно, Побуковский — это «тот, кто из Побукова». Такая модель типична для фамилий шляхетского круга в Речи Посполитой, но позже распространилась и среди крестьян и мещан, особенно после разделов Польши, когда многие безымянные сельские жители получили фамилии по месту рождения.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище по занятию. Если предок занимался заготовкой буковой древесины или жил на опушке букового леса, его могли прозвать Побуком, а его потомки уже стали Побуковскими. Однако суффикс -ский в этом случае выглядит искусственным: для прозвищного происхождения естественнее была бы форма Побуков или Побукин.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Буковский, Буков, Буковецкий — показывает, что Побуковский встречается реже и имеет более чёткую привязку к конкретному топониму. Если Буковский мог возникнуть в любом регионе, где есть буковые леса, то Побуковский почти наверняка указывает на конкретное село Побуково. Такие поселения известны в Волынской и Львовской областях Украины, а также в исторической Малопольше.

Носители фамилии сегодня рассеяны по России, Украине и Беларуси, но заметного скопления не образуют. Это типичная фамилия средней полосы Восточной Европы, не принадлежавшая какому-то одному сословию: среди Побуковских были и священники, и мещане, и крестьяне. Точных данных о древности фамилии нет, но её структура указывает на XV–XVII века, когда активно шёл процесс закрепления фамилий по топонимам.