Фамилия Почерней — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою сравнительную степень. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, эта фамилия не приросла стандартным суффиксом принадлежности. Она застыла в форме, в которой её когда-то дали человеку: «Почерней» — то есть «тот, кто почернее», «более чёрный».

Основа здесь — прилагательное «чёрный» в сравнительной степени с приставкой «по-». В русских говорах такая конструкция («побольше», «поменьше», «почерней») часто служила прозвищем, указывая на отличительный внешний признак: смуглую кожу, тёмные волосы, либо на характер — угрюмого, «чёрного» нравом человека. Иногда так могли назвать и того, кто постоянно носил тёмную одежду или работал с сажей, углём.

Морфологически фамилия стоит особняком. Обычно прозвища в сравнительной степени (Быстрее, Сильнее) при оформлении фамилии получали суффикс -ов: Быстров, Сильнов. Здесь же этого не произошло — и это главная загадка. Возможно, фамилия Почерней — украинского или белорусского происхождения, где сравнительная степень могла закрепляться как фамилия напрямую (ср. фамилии Меньший, Старший). Либо это поздняя фиксация прозвища, когда стандартные модели уже ослабли.

В ономастических справочниках фамилия не упоминается в числе распространённых — это говорит о её локальном бытовании. Вероятнее всего, она возникла в западнорусских или южнорусских землях, где диалектные формы сравнительной степени были в ходу. Носители фамилии Почерней — это потомки человека, которого в деревне выделяли по самому заметному признаку, и прозвище закрепилось за родом без переделки в привычный «Почернеев».