Фамилия Почерникова — женская форма фамилии Почерников. Её основа — прозвище или нецерковное имя Почерник. Слово «почерник» в русских говорах имеет несколько значений. В одних регионах так называли человека, который занимался сбором или торговлей черникой (ягодой). В других — мастера, изготовлявшего чернила, или писца, работавшего с чернилами. Встречается и значение «чернобровый, смуглый» — то есть прозвище могли дать по внешнему признаку.

Фамилия образована по типичной модели: суффикс -ов- (в женском варианте -ова) присоединился к основе Почерник. Такая модель в XVI–XVII веках закрепилась за фамилиями крестьян и мещан центральной России. Географически фамилия Почерниковы чаще встречаются в документах по Вологодской, Костромской и Нижегородской губерниям — там, где черника росла в изобилии, а письменное дело было развито при монастырях и приказных избах.

Интересная деталь: в отличие от более распространённой фамилии Черников, где корень прямо указывает на цвет или сажу, в фамилии Почерникова сохранилась приставка по-, которая в древнерусском языке могла означать «тот, кто делает что-то с предметом» (по-чернить — сделать черным). То есть Почерников — это не просто «черный», а «тот, кто чернит, красит в черное» или «тот, кто работает с черникой». Эта приставка делает фамилию более конкретной по занятию, чем просто цветовая характеристика.

Встречается и редкий вариант написания через букву «е» — Почернекова, но это, скорее всего, диалектное произношение, закреплённое в документах. Основной вариант — Почерников/Почерникова — сохраняет корень «черн» с чередованием е/ё под ударением.