Фамилия Печерникова — женская форма фамилии Печерников, и её происхождение напрямую связано с церковной и монастырской жизнью Древней Руси. В основе лежит слово «печерник» — так в старину называли монаха, живущего в пещере, или, шире, насельника пещерного монастыря. Самый известный пример — Киево-Печерская лавра, где монахи селились в пещерах на берегу Днепра. Прозвище или мирское имя Печерник мог получить человек, который либо сам был иноком в такой обители, либо жил неподалёку от пещерного храма, либо происходил из семьи, тесно связанной с монастырём.

Суффикс -ов- в фамилии Печерников указывает на типичную модель образования русских фамилий от названий профессий или прозвищ: Печерник → Печерников — «сын Печерника». Интересно, что эта фамилия — не из самых частых: она не попала в массовые списки крестьянских или дворянских родов, а бытовала локально. Географически её корни чаще всего ведут в центральные и южные области России, особенно в регионы, где были известны пещерные монастыри (Курская, Воронежская, Тульская губернии). Встречается она и на Украине, что логично, учитывая киевское происхождение корня.

В отличие от фамилий вроде Попов или Дьяков, Печерниковы не могли быть потомками высшего духовенства — скорее, их предки были рядовыми монахами или послушниками, а то и просто крестьянами, приписанными к монастырским владениям. В документах XVII–XVIII веков прозвище Печерник фиксируется как личное имя: например, в переписных книгах встречаются крестьяне по имени Печерник, что говорит о бытовом, а не только о сакральном употреблении слова. То есть фамилия могла возникнуть и в среде, далёкой от пострига, — как прозвище за угрюмый, «затворнический» характер или за привычку жить уединённо.

Любопытно, что написание фамилии иногда путают с «Пещерников» — от слова «пещера». Но в исторической ономастике форма «Печерник» (через «е» после «ч») считается более архаичной и точной: в древнерусском языке слово «печера» означало именно пещеру, а не что-то связанное с печью. Поэтому Печерников — не «печной мастер», а именно человек из пещеры.