Фамилия Подбородников образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища через суффикс -ов и его вариант -ников. Суффикс -ников в данном случае указывает на принадлежность: Подбородников — сын Подбородника. Основа же — слово «подбородок» — кажется прозрачной, но на деле скрывает несколько возможных путей происхождения.

Самое прямое объяснение: прозвище Подбородок могли дать человеку с необычной, заметной нижней частью лица — например, с большим, выпирающим или, наоборот, скошенным подбородком. В русской традиции такие прозвища по внешним чертам (Губа, Нос, Щека) были обычным делом. Однако есть и другой, менее очевидный вариант. В некоторых говорах «подбородком» называли не только часть лица, но и подбородный ремень у шлема или конской сбруи. В таком случае прозвище могло относиться к мастеру, изготавливающему упряжь, или к воину, носившему характерный шлем.

Словообразовательная модель с суффиксом -ников встречается реже, чем простой -ов, что делает фамилию Подбородников относительно редкой по сравнению с Подбородовым. Суффикс -ник часто указывал на профессию или характерный предмет (ср. Охотников, Сапожников), поэтому версия о ремесленнике или владельце заметной детали снаряжения выглядит вполне правдоподобно.

География фамилии не привязана строго к одному региону, но чаще встречается в центральных и южных областях России. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как прозвища по внешности и бытовым предметам были типичны для непривилегированных слоёв населения. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что подтверждает её сугубо прозвищное, «земное» происхождение.