Фамилия Подгородников образована от прозвища или именования Подгородник. В основе лежит предлог «под» и слово «город» — так называли человека, который жил «под городом», то есть в пригороде, на посаде или в слободе у городских стен. В допетровской Руси это было не просто указание на место жительства, а часто и социальная характеристика: подгородные крестьяне и ремесленники стояли ниже горожан по статусу, но выше сельских жителей, имея больше торговых и промысловых возможностей.

Суффикс -ник в основе указывает на род занятий или принадлежность к определённой группе. Подгородник — не просто «живущий под городом», а скорее «тот, кто относится к подгородью», человек, чья жизнь и хозяйство завязаны на близости к городу. Такие именования были распространены в северных и центральных областях России, где города играли роль экономических центров, а вокруг них складывались плотные кольца пригородных слобод.

Фамилия строится по стандартной патронимической модели на -ов: Подгородников — буквально «сын Подгородника». Это одна из самых распространённых русских фамильных моделей, но сама основа встречается нечасто. Сравните с однокоренными Городничев, Городсков, Загорский — у каждой своя смысловая ниша. Подгородников выделяется тем, что фиксирует не просто место («под городом»), а социально-хозяйственную роль человека в этом месте.

В документах фамилия встречается с XVIII века, преимущественно в записях по Ярославской, Костромской и Вологодской губерниям. Там подгородные слободы были многочисленны, и прозвища закреплялись за целыми семьями. Встречаются также варианты написания Подгороднов и Подгородний — они могли возникнуть из-за местных говоров или при переписи, когда писарь упрощал окончание.

Известных носителей с этой фамилией, оставивших заметный след в истории, немного — фамилия скорее крестьянская и мещанская, не получившая широкого дворянского распространения. Но это делает её более типичной для основной массы русского населения: предки Подгородниковых, скорее всего, были посадскими людьми или государственными крестьянами, жившими на границе города и деревни и кормившимися ремеслом, извозом или торговлей на городском рынке.