Фамилия Поддубец — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка первична, а прозвищная версия вторична. В основе лежит украинское или южнорусское слово «поддуб» — место под дубом, дубовая поросль, а также название гриба-поддубовика (синяка). Но в отличие от фамилий вроде Дубов или Дубинин, суффикс -ец указывает не на принадлежность («чей?»), а на происхождение из конкретного места: Поддубец — это «тот, кто родом из Поддуба» или «живущий под дубом».

Самая правдоподобная версия — топонимическая. На Украине и в приграничных областях России (Брянщина, Курщина) встречаются села и хутора с названием Поддубцы, Поддубное, Поддубье. Человек, переселившийся из такого села, получал прозвище по месту выхода: Поддубец. Такая модель образования фамилий (основа + -ец) типична для западнорусских и украинских земель — ср. Белозерец, Полтавец, Витеблец. Фамилия, скорее всего, оформилась в среде крестьян или казаков в XVII–XVIII веках, когда закреплялись прозвища по месту жительства.

Менее вероятно, но не исключено, что Поддубцем могли назвать человека по внешнему сходству с грибом-поддубовиком (коренастый, плотный, смуглый) или по занятию — сборщик грибов, живущий в дубраве. Однако в ономастике прозвища от грибов встречаются реже топонимических, и суффикс -ец здесь выглядит неестественно: прозвище по внешности обычно давали в форме Поддубок или Поддуб.

Фамилия сохраняет украинское фонетическое влияние: в русском языке ожидалось бы «Поддубовец» (с суффиксом -ов-), но форма «Поддубец» короче и архаичнее. Встречается она преимущественно на западе Украины (Волынь, Хмельничина) и среди потомков переселенцев в Сибирь. Носители фамилии не принадлежали к дворянству — это однозначно крестьянская или казачья фамилия, не попавшая в родословные книги.

В написании возможна путаница: вариант «Поддубец» (с двумя «д») отличается от редкой фамилии «Подубец» (с одной «д»), которая могла образоваться от «подуб» — «под дубом» в диалектном произношении. Но большинство носителей пишут фамилию именно с удвоенной «д», что подтверждает её связь с приставкой «под-» и корнем «дуб».