Фамилия Подиенко звучит на украинский лад, и её происхождение стоит искать в прозвищах или именах, распространённых на территории современной Украины и юга России. Характерный суффикс -енко указывает на типичную украинскую модель образования фамилий, где эта частица означает «сын» или «потомок». Соответственно, Подиенко — это «сын Подия» или «потомок человека по прозвищу Подий».

Основа «Подий» — наиболее вероятный источник фамилии. В украинском языке слово «підій» (или «подій») могло иметь несколько значений, но чаще всего оно связано с глаголом «підійти» или «подіяти». Прозвище Подий могли дать человеку деятельному, подвижному, тому, кто всегда «подходил» к делу, или же, напротив, тому, кто отличался некой особенностью поведения. В русских говорах встречается слово «подий» в значении «подмастерье» или «помощник», что тоже могло лечь в основу прозвища.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с именем Подий — краткой формой от канонического имени Ипподий (греческого происхождения, означающего «конный»). Такие имена, хоть и редко, но бытовали в церковной среде, и их сокращённые варианты иногда становились фамилиями. Однако в случае с Подиенко прозвищная версия выглядит убедительнее: суффикс -енко в основном присоединяли к мирским именам и прозвищам, а не к полным церковным.

Фамилия Подиенко не относится к массовым, её носители встречаются в основном в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Поволжье. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность к роду, модель на -енко подчёркивала прямое родство: Подиенко — буквально «чей?» — Подиев. Это объясняет, почему в старых реестрах фамилия могла писаться как Подиенок или Подиенко, в зависимости от местного произношения.