Фамилия Подкомарная — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. В ней легко угадывается основа «комар» и приставка «под-», но суффикс «-н-» и окончание «-ая» выдают типично южнорусскую или украинскую модель фамилий, образованных от названий населённых мест. Чаще всего такую форму давали переселенцам: человек, переехавший из села Подкомарное или с хутора Подкомарный, получал фамилию по месту прежнего жительства. Сёла с похожими названиями — Подкомарово, Подкомары — встречаются в Воронежской, Курской и Ростовской областях, а также на востоке Украины (Луганщина, Харьковщина). Топоним, в свою очередь, скорее всего, возник от местности, густо заросшей кустарником и травой, где водилось много комаров, — «под комарами», то есть в низине, у болота.

Менее вероятна, но теоретически возможна версия, что фамилия произошла от прозвища Подкомарный — человека, жившего «под комаром» (в переносном смысле, например, в бедной, низкой избе, где комары одолевали). Однако в русской ономастике прозвища в форме прилагательного на «-ный» встречаются редко, а окончание «-ая» почти всегда указывает на фамилию, застывшую из названия деревни или села.

Фамилия Подкомарная — женская форма, мужской вариант — Подкомарный. Она не относится к числу древних аристократических, её носители — это в основном крестьяне или казаки из чернозёмных областей, где и закрепилась такая модель фамилий. По переписям XIX века, Подкомарные встречаются в документах Воронежской губернии, что подтверждает гипотезу о местном происхождении. В современной России фамилия остаётся редкой, но сохранилась именно в тех регионах, где были одноимённые поселения.