Фамилия Подлубнов построена по модели «основа + суффикс -ов», что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Подлубнов — сын Подлубна или человек из рода Подлубновых. Основа здесь — слово «подлубен» или «подлубна», которое напрямую связано с диалектным названием гриба — подлубень. Так в некоторых говорах, особенно на севере и в Поволжье, называли подберёзовик или подосиновик, а иногда и сыроежку. Гриб растёт под лубом — под корой или под слоем лесной подстилки, отсюда и прозвище.

Скорее всего, прозвище Подлубен дали человеку по внешнему сходству или по манере поведения: грибник, любитель тихой охоты, либо человек приземистый, коренастый, «как грибок». В ономастике такие прозвища по грибам встречаются, но редко, что делает фамилию Подлубнов заметной на фоне более частых Боровиковых или Грибковых.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище могли дать по месту жительства — «под лубом», то есть под корой большого дерева, в шалаше или землянке, крытой лубом. Однако в говорах слово «луб» имело и переносное значение — «крепкий, грубый человек», так что прозвище могло характеризовать характер.

Географически фамилия Подлубнов встречается в основном в центральной России и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. В этих местах диалектное слово «подлубень» было в ходу, и фамилия могла закрепиться в крестьянской среде. Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что основа — не женское имя и не отчество от матери, а мужское прозвище.

В дореволюционных переписях Подлубновы — почти сплошь государственные крестьяне, реже мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая — её носители живут в России и странах бывшего СССР, сохраняя связь с лесным прозвищем далёкого предка.