Фамилия Подлужнова — женская форма фамилии Подлужнов, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или географическое название «под лугом» или «под лужей». Слово «луг» в русских говорах означало заливной луг, сенокосное угодье, а «лужа» — не только стоячую воду, но и низину, сырое место. Человек, живший «под лугом» (то есть ниже по рельефу от поймы) или у сырой низины, получал прозвище Подлуг, а его потомки становились Подлуговыми. Однако форма на -жн- указывает на более сложный путь: возможно, в основе лежит топоним Подлужное — название деревни или урочища, каких немало в Центральной России и Поволжье. Тогда фамилия образована по модели «житель села Подлужного», но с характерным суффиксом -ов, который приращивали к прозвищам и названиям мест без окончания: Подлужн(ый) + ов = Подлужнов.

Суффикс -н- в прилагательном «подлужный» — редкий для фамилий, но встречающийся в тех краях, где топонимы часто имели форму «Подлужное» (сравните с фамилиями Подгорнов, Подпольнов). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Подлу́жнова, хотя в устной речи встречаются варианты.

Версия с «лужей» менее вероятна, но не исключена: в диалектах «подлужье» означало низкое место у воды, и прозвище Подлужа могло закрепиться за человеком, чей дом стоял в сырой низине. Однако форма Подлужнов явно тяготеет к топонимическому происхождению: в документах XVII–XVIII веков упоминаются крестьяне из деревень Подлужное в Тульской, Рязанской и Калужской губерниях. Фамилия Подлужнова — типично крестьянская, недворянская, что подтверждается её отсутствием в списках родовых книг. Носительницы этой фамилии — потомки тех, кто жил «у луга» или в селе с таким названием, и прозвище перешло в официальную фамилию после отмены крепостного права.

Написание через -жн- отличает её от более распространённой Подлуговой, где корень «луг» прозрачен. Если встретите вариант Подлужная — это уже другая модель, с окончанием прилагательного, а не с суффиксом -ов.