Фамилия Подольников ведет свое начало от прозвища Подольник, которое, вероятно, означает «житель подола». Нарицательное «подол», однокоренное со словом «долина», означает «низменное место, подгорная равнина». Очевидно, Подольником называли человека, живущего в подобной местности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подольник, со временем получил фамилию Подольников.