Фамилия Подольников отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и образована через суффикс -ов от личного прозвища Подольник. Это типичная модель русских фамилий: так из прозвища отца возникала фамилия для его потомков. Само прозвище, судя по всему, указывало на место жительства человека.

Слово «подол» здесь — не край одежды, а географический термин. Оно родственно слову «долина» и означает низменное место, подгорную равнину, пойму реки. Поэтому Подольником на Руси называли того, кто жил в низине, у подножия холма или на равнинной местности у воды. В этом же ряду стоят фамилии Подольский, Подолин, Подольцев, которые образованы от тех же корней, но разными суффиксами.

Вероятно, прозвище закреплялось за человеком по контрасту с соседями: если кто-то жил «на горе» или «на верху», то другой — «подолом», в низине. Такие прозвища были практичны: они точно указывали, где искать человека в селе. Со временем прозвище перешло в фамилию, закрепившись за детьми и внуками Подольника.

В написании фамилии важно не путать её с Подольским или Подольцевым: форма Подольников жёстко привязана к прозвищу на -ник, что подчёркивает именно личное, а не топонимическое происхождение. Среди носителей фамилии вряд ли стоит искать прямых потомков знати — скорее, это род крестьян или посадских людей, живших в средней полосе России, где рельеф часто определял устройство поселений.