Фамилия Подольников образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Подольников ведет свое начало от прозвища Подольник, которое, вероятно, означает «житель подола». Нарицательное «подол», однокоренное со словом «долина», означает «низменное место, подгорная равнина». Очевидно, Подольником называли человека, живущего в подобной местности. Также нельзя исключить, что фамилия Подольников связана с историческим районом Киева — Подолом, который входил в состав Подольского района, получившего своё название из-за расположения у подножия киевских холмов на берегу Днепра. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подольник, со временем получил фамилию Подольников. О точном месте и времени возникновения фамилии Подольников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Подольников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.