Фамилия Подольник — редкий случай, когда географическая основа почти очевидна, но не даёт однозначного ответа. Чаще всего её связывают с топонимом Подол — так называли низменную часть города у реки или историческую местность (Подол в Киеве, Подольск, Подолье). Человек, получивший прозвище Подольник, мог быть выходцем с Подола или жителем низины. Однако здесь работает не типичный суффикс -ский (как в Подольский), а -ник, что меняет смысл.

Суффикс -ник в русских фамилиях обычно указывает на род занятий или принадлежность к предмету: сапожник, мельник, плотник. Если следовать этой модели, Подольник — не просто «тот, кто с Подола», а скорее «тот, кто делает что-то связанное с подолом». В диалектах «подол» означал не только низ платья, но и откос, склон, низменный луг. Соответственно, Подольником могли назвать крестьянина, обрабатывающего землю на подоле, или пастуха, пасущего скот на заливных низинах. Есть и более бытовая версия: в некоторых говорах «подольник» — это подол, нижняя часть одежды, но прозвище по части одежды давали редко, чаще портному, который шил подолы.

В отличие от фамилий Подольский (дворянская, «по месту владения») или Подоляк (украинская, «житель Подолья»), Подольник — более народная, «ремесленная» форма. Она почти не встречается в старых боярских списках, зато фиксируется среди крестьян и мещан центральной России и Поволжья. В XIX веке носители фамилии записаны в Тульской, Рязанской и Нижегородской губерниях — регионах, где слово «подол» в значении «низкий берег» было особенно употребительно.

Спорный момент: некоторые ономасты выводят Подольник от имени Подоля (уменьшительное от Поликарп или Ипполит) с суффиксом -ник, но это маловероятно. Имя Подоля не зафиксировано в святцах, а суффикс -ник редко присоединяли к личным именам — скорее получилось бы Подолин. Версия с прозвищем по месту жительства или роду занятий выглядит убедительнее и подтверждается географией бытования.