Фамилия Подорогин образована от прозвища или нецерковного имени Подорога. Основа здесь — не существительное «дорога», как может показаться на первый взгляд, а древнерусское слово «дорогъ» в значении «дорогой, любимый, ценный». Приставка «по-» в таких именах часто выполняла усилительную или ласкательную функцию. То есть Подорога — это «очень дорогой», «драгоценный». Человек с таким прозвищем мог быть желанным, долгожданным ребёнком или просто отличаться особой ценностью для семьи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Подорогин — «сын Подороги», «из семьи Подороги». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В говорах встречается и вариант Подорогин с ударением на второй слог, но литературная норма — ударение на третий слог.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с дорогой: Подорогин мог быть тем, кто живёт «под дорогой» — у подножия насыпи, в низине у тракта. Однако в этом случае логичнее было бы ожидать фамилию Подорожин или Подорожный. Слово «подорога» в диалектах означало «подорожник», но прозвище по растению — редкая модель для русских фамилий.

Фамилия фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне Подорогины в северных и центральных губерниях — Вологодской, Костромской, Вятской. Это говорит о том, что фамилия бытовала в среде свободного крестьянства, а не только в дворянских родах. Встречается она и сегодня, но остаётся довольно редкой — её носителей насчитывается не более нескольких тысяч человек по всей России.