Фамилия Подтынников — редкий случай, когда основа прозвища до сих пор живёт в русских говорах, но почти исчезла из литературного языка. «Подтынник» — это не человек, а предмет: так в старину называли изгородь, плетень или забор, поставленный прямо под тыном (частоколом), а также узкое пространство у самого забора. В пермских и вятских говорах слово «подтынник» означало и захолустное место, закоулок. Прозвище Подтынник могли дать человеку, который жил на отшибе, в глухом углу деревни, или тому, чей дом стоял вплотную к ограде.

Модель образования проста: к основе «подтынник» добавили патронимический суффикс «-ов», превратив прозвище в фамилию. Типичный случай для северных и центральных регионов России, где фамилии на «-ов» формировались от бытовых прозвищ, а не от крестильных имён. Интересно, что в отличие от фамилий вроде Затынников (от «за тыном» — за забором), Подтынников сохранила отчётливую привязку к положению «под» — то есть сразу у преграды, а не за ней.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей, чьи прозвища фиксировали место жительства. В писцовых книгах XVI–XVII веков такие «географические» прозвища встречаются часто: человека называли не по имени, а по тому, где стоит его изба. Подтынников — не дворянская и не купеческая фамилия, она из крестьянской среды, где прозвище закреплялось за родом без изменений.

Однокоренных фамилий немного: Подтынник, Подтынный, Тынников. Вариант с суффиксом «-ов» — самый распространённый, что говорит о поздней стандартизации в XIX веке, когда большинство крестьянских фамилий оформилось именно в такой форме. Споров о происхождении нет: диалектное слово «подтынник» надёжно фиксируется в словаре Даля, и альтернативные версии (например, связь с личным именем Тын или с тюркским корнем) выглядят натяжкой.