Основой фамилии Подтынникова послужило мирское имя Подтынник. Фамилия Подтынникова образована от имени Подтынник. Оно берет начало от нарицательного «подтынник», которым в народе называют растение чистотел. Давая младенцу такое имя, как Подтынник, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. Возможно также, что фамилия Подтынникова происходит от прозвище Подтынник. Оно может восходить к глаголу «подтынничать» - «отдыхать в тени». Можно предположить, что именование Подтынник принадлежало тому, кто любил полежать в тени в знойный день. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Подтынник, со временем получил фамилию Подтынникова. Представители фамилии Подтынниковых внесены в различные исторические источники. Так, в документах Воронежской области упоминается Митрофан Петрович Подтынников, родившийся в 1899 году в селе Никольское Верхнехавского района Воронежской области. В Книге памяти Нижегородской области можно найти сведения о Николае Ивановиче Подтынникове, родившемся в 1918 году в селе Рубцово Землянского района Воронежской области.