Фамилия Подуто — редкий случай, когда внешний облик слова почти полностью совпадает с его смысловой подоплёкой. В ней сразу слышится глагол «дуть» и приставка «по-», что создаёт образ чего-то надутого, вздутого или пустого внутри. Однако за этой прозрачной формой скрывается не одна, а как минимум две возможные истории происхождения.

Первый и самый очевидный вариант — прозвище Подутый. Так могли назвать человека полного, с одутловатым лицом, либо, наоборот, очень худого, «ветром надутого». В русских говорах слово «подутый» имело и переносное значение — надутый, обиженный, сердитый человек. Фамилия образовалась по стандартной модели: от прозвища на -т- (Подутый) отсекли окончание и добавили фамильный суффикс -о. Такая модель встречается реже, чем -ов или -ин, но она характерна для украинской и южнорусской ономастики, где фамилии на -о нередко закрепляли прозвища в краткой форме (как Нестеренко, Пилипенко). В случае Подуто суффикс -о выполняет роль не уменьшительную, а субстантивную — он превращает прилагательное в существительное: Подутый → Подуто.

Вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным существительным «подута». В некоторых областях так называли гнойный нарыв, чирей или опухоль. Прозвище Подута могли дать человеку с заметным кожным дефектом или, опять же, с одутловатостью. Фамилия в таком случае — это застывшая форма именительного падежа единственного числа среднего рода, что для русских фамилий нетипично, но встречается в единичных случаях, особенно если прозвище было образовано от существительного среднего рода (ср. фамилии типа Долото, Решето).

Географически фамилия Подуто тяготеет к югу России и востоку Украины. В современных базах данных она единична, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного родоначальника в конкретном селе или хуторе. Сословно предки могли быть крестьянами или казаками: прозвищные фамилии на -о в этих средах были обычным делом, в отличие от дворянских фамилий на -ский.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Подутов, Подутый, Подутое — показывает, что Подуто стоит особняком. Подутов образован по более распространённой патронимической схеме (чей? — сын Подута), а Подуто — это прямое прозвище, которое так и закрепилось в документах без дополнительных суффиксов. Это делает фамилию ценной для историка языка: она сохранила живую народную форму, не переработанную канцелярским стандартом.