Фамилия Подыряко — одна из тех, что сразу выдают южнорусское или украинское происхождение. Её выдает суффикс -яко, который в украинской ономастике (а также в белорусской и южнорусской) выполняет ту же роль, что и русское -ка: образует уменьшительно-ласкательные или прозвищные формы от личных имен и нарицательных слов. В данном случае основа — Подыр-.

Что скрывается за этой основой? Самая прямая и очевидная версия — связь с глаголом «дырявить» или существительным «дыра». Прозвище Подыря, от которого пошла фамилия, мог получить человек, занимавшийся починкой одежды или обуви (то есть «заделывающий дыры»), либо, напротив, неряха, у которого всё в дырах. В украинском языке есть слово «подыря» — так могли называть человека с дырявой одеждой или худым, истощенным (как «прореха»). Однако в контексте прозвищ ремесленников такая версия выглядит слабее: обычно мастера называли по инструменту или продукту труда (Швец, Кожемяка), а не по действию.

Более правдоподобно другое объяснение: основа восходит к диалектному «подырник» — так в некоторых говорах называли растение подорожник. Прозвище Подыря могло закрепиться за человеком, который жил у дороги, торговал на тракте или просто часто ходил по пыльным путям. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии с корнем «дыр-» (Дыров, Дыряев) встречаются в русских писцовых книгах XVI–XVII веков, но Подыряко — явно более поздняя и локальная форма, привязанная к украинской модели словообразования.

С географией фамилии всё ясно: Подыряко — типичная фамилия для юга России (Кубань, Ростовская область) и восточной Украины (Харьковщина, Полтавщина). Встречается она нечасто, но устойчиво держится в этих регионах. Сословного барьера у неё не было: такую фамилию мог носить и крестьянин, и казак, и мещанин — прозвище не указывало на знатность или ремесло, а скорее описывало внешность или манеру поведения.

Если сравнивать с однокоренными, то Подыряко — «младший родственник» фамилий Дыров, Дыряев, Подыров. Но в отличие от них, суффикс -яко придаёт ей отчётливый западно- или южнорусский колорит. В украинских реестрах казаков XVII века похожих прозвищ не зафиксировано, так что, скорее всего, фамилия сложилась уже в XVIII–XIX веках, когда фамилии стали массово закрепляться за крестьянами.

Итог: Подыряко — фамилия-прозвище, скорее всего, означавшая «человек с дырявой одеждой» или, менее вероятно, «тот, кто латает дыры». Носители её — выходцы из украинских или южнорусских земель, где модель на -яко была в ходу. Никаких знаменитых исторических личностей с такой фамилией не известно, но это не делает её менее ценной для семейной истории: она прямо указывает на регион и, возможно, на характер или занятие предка.