Фамилия Похитонова в своей основе имеет прозвище Похитон, и разобраться в её происхождении — значит понять, что стояло за этим прозвищем. Наиболее убедительная версия связывает его с украинским диалектным словом «похит», то есть «качание, раскачивание». Если это так, то прозвище Похитон закрепилось за человеком с характерной, мерной или слегка раскачивающейся походкой. Такие прозвища на Руси давали не в обиду, а как меткую бытовую примету, по которой человека легко было узнать. Потомки этого человека со временем стали носить фамилию Похитоновы, а женская форма — Похитонова — закрепилась за их дочерьми и жёнами.

Существует и менее вероятная гипотеза, выводящая прозвище из эстонского слова põhitüüp, что переводится как «прообраз». Однако здесь есть серьёзное сомнение: вряд ли диалектное прозвище простого человека опиралось на книжное, заимствованное понятие, да ещё и в таком специфическом значении. Поэтому версия с «похитом» выглядит куда правдоподобнее и естественнее для народной ономастики.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ов и окончание -а — типична для русских фамилий, возникших от прозвищ на -о. Здесь сработал простой принцип: Похитон → сын Похитона → Похитонов → Похитонова. Фамилия не дворянская и не книжная, она выросла из живой речи, из того, как окружающие называли человека между собой.

Среди носителей фамилии есть фигура, которая делает её известной за пределами узкого круга. Речь о художнике Иване Павловиче Похитонове (1850–1923), русском живописце, мастере пейзажа, близкого барбизонской школе. Его работы — это небольшие, почти миниатюрные полотна, которые Илья Репин называл «миниатюрными перлами». Похитонов писал преимущественно пейзажи, и его манера впечатляет изысканными тональными эффектами: ранние вещи сдержанны, серовато-жемчужны, поздние — всё более романтичны и тёплы по настроению. Так что фамилия, начавшаяся с прозвища, данного, возможно, за особенность походки, в итоге оказалась связана с тонким зрением художника, умевшим схватывать едва уловимое движение света и воздуха.